Opførelsen af Christian IX's Palæ, eller Schacks Palæ, blev påbegyndt i 1750. I 1754 måtte bygherren, geheimekonferensråd Severin Løvenskiold, imidlertid give op overfor de økonomiske forpligtelser. Grevinde Anne Sophie Schack overtog palæet og videregav det til sin stedsønnesøn, Hans Schack.

Hans Schack blev i 1757 svigersøn til overhofmarskal A.G. Moltke, hvilket ikke kom kvaliteten af byggeriet til skade, idet svigerfaderen udlånte sine bedste kunsthåndværkere til interiørernes færdiggørelse.

Efter slotsbranden på Christiansborg Slot blev Schacks Palæ købt til Kronprins Frederik (6). Palæet blev forbundet med Moltkes Palæ med "Kolonnaden" - en løngang i 1. sals højde, båret af otte ioniske søjler, der tillod passage af trafikken i Amaliegade.

Kronprinsen, der siden 1784 havde regeret for sin syge far, blev konge (Frederik 6.) i 1808. Efter Kongens død i 1839 og Dronning Maries i 1852 blev palæet benyttet af blandt andet Højesteret og Udenrigsministeriet.

I 1863 blev palæet stillet til rådighed for Christian 9., efter hvem palæet er opkaldt. Christian 9., kaldet "Europas svigerfar", boede her til sin død i 1906, hvorefter hjemmet stod urørt indtil en registrering af effekterne havde fundet sted i 1948.

I 1967 gennemgik palæet en istandsættelse i forbindelse med, at tronfølgeren Prinsesse Margrethe og Prins Henrik overtog palæet. Regentparret benytter i dag palæet som residenspalæ i vintermånederne.